萃取条件的选择有几种情况：一是用同一种流体选择不同的压力来改变提取条件，从而提取出不同类型的化合物；二是根据提取物在不同条件下，在超临界流体中的溶解性来选择合适的提取条件；三是将分析物沉积在吸附剂上，用超临界流体洗脱，以达到分类选择提取的目的；四是对极性较大的组分，可直接将甲醇加入样品中，用超临界CO2提取，或者用另一个泵按一定比例泵入甲醇与超临界CO2，来达到增加萃取剂强度的目的。 

影响萃取效率的因素除了萃取剂流体的压力、组成、萃取温度外，萃取过程的时间及吸收管的温度出会影响到萃取及收集的效率，萃取时间取决于两个因素：一是被萃取物在流体中的溶解度，溶解度越大，萃取效率越高，速度也越快；二是被萃取物质在基体中的传质速率越大，萃取越完全，效率也越高。收集器或吸收管的温度也会影响到回收率，降低温度有利于提高回收率。 

超临界流体减压后，用于收集提取物的方法主要有两类--离线SFE及在线SFE或联机SFE，离线SFE本身操作简单，只需要了解提取步骤，样品提取物可用其他合适的方法分析。在线SFE不仅需要了解SFE，还要了解色谱条件，而且样品提取物不适用于其他方法分析，其优点主要是消除了提取和色谱分析之间的样品处理过程，并且由于是直接将提取物转移到色谱柱中而有可能达到最大的灵敏度。